Nel 1578 il duca Emanuele Filiberto di Savoia concede la costituzione dell’Arciconfraternita di San Giovanni Battista Decollato o della Misericordia, dedita all’assistenza materiale e spirituale dei carcerati e dei condannati a morte.

Sin dai primi anni di attività istituzionale, l’Arciconfraternita diviene di riferimento per le altre confraternite sorte sul finire del XVI secolo a Torino e in Piemonte. Nel 1718 la Confraternita acquista la chiesa appartenuta al convento delle monache di Santa Croce e dal 1720 vi si insedia, intitolandola a San Giovanni Battista Decollato. Nel 1726 è aperta la strada di collegamento con la via Dora Grossa (attuale via Garibaldi) di cui la chiesa costituisce fondale architettonico.

L’edificio attuale è frutto di un progetto dell’architetto Filippo Nicolis di Robilant che risale al 1751. In quell’anno, a causa di dissesti statici, si decide infatti di reimpostare la chiesa in forme barocche caratterizzata da un sistema di volte traforate che si susseguono a coprire l’aula unica e la illuminano scenograficamente. La cosiddetta ‘immagine luministica originaria’ della chiesa è oggi ripristinata e valorizzata dal primo lotto di lavori di restauro finanziato dalla Compagnia di San Paolo nel 2009. Due fasce voltate a botte e aperte da finestre sopra al piano di imposta raccordano la volta a vela forata con fondo centrale, alla cupola ellittica e al catino absidale decorato con le virtù teologali: Fede, Speranza e Carità. La cupola ellittica, elemento caratterizzante il sistema voltato, si imposta su un tamburo finestrato scandito da dodici lesene da cui si dipartono le fasce che definiscono la stella centrale, in cui splende un affresco di Mattia Franceschini, allievo del Beaumont. Con il secondo lotto di restauri, nel 2012 si riporta la pavimentazione originaria in pietra di Barge, inserendo un innovativo impianto di riscaldamento geotermico a pavimento. Con il terzo lotto si interviene sull'Aula Capitolare, restaurando affreschi, stucchi, pavimenti e armadiate.

L’altare maggiore in marmi policromi risale al 1792 e si deve ad un progetto di Francesco Benedetto Ferroggio. La pala dell'altar maggiore, separata dalla mensa e collocata sulla parete di fondo, rappresenta la decollazione di San Giovanni Battista ed è attribuita a Federico Zuccari. A lato della pala due grandi quadri di Felice Cervetti, allievo del Beaumont, rappresentano la predicazione di San Giovanni Battista e il battesimo del Giordano..

La cappella laterale sinistra è dedicata a san Giovanni Nepomuceno, rappresentato in una grande pala di Francesco Beaumont in contemplazione della Vergine. Ornano i lati della cappella due tele di Vittorio Amedeo Rapous, allievo del Beaumont, dedicate all’Annunciazione e all’Assunzione. Due piccoli quadri di allievi del Rapous, sotto le tele del maestro, illustrano la condanna a morte di san Giovanni Nepomuceno e la sua morte nella Moldava. La cappella laterale destra - detta del Crocifisso o dei Condannati, stante la presenza di un pozzo tombale, in cui vennero deposti numerosi condannati a morte - accoglie un importante crocifisso ligneo attribuito a Stefano Maria Clemente. Ornano i lati dell'altare destro due grandi quadri secenteschi rappresentanti l'Ecce Homo e due piccole tele raffiguranti la testa di san Giovanni Battista, elemento caratterizzante di tutta la chiesa. Agli anni Trenta del Settecento risalgono le due statue lignee di Carlo Giuseppe Plura che ornano l’ingresso alla chiesa e che rappresentano la Vergine Addolorata e un Angelo: facevano parte di una macchina processionale utilizzata nelle processioni del Venerdì Santo.

La facciata della chiesa, opera marcatamente neoclassica di Gaetano Lombardi (1828), è definita da quattro colonne ioniche che reggono un timpano triangolare dentellato e sono poggiate su un alto stilobate. Il colore grigio degli elementi architettonici realizzati in pietra di Malanaggio, spicca sul piano di fondo chiaro.

Dopo un’attività ininterrotta per più di due secoli, dal 1817 la Misericordia entra ufficialmente nell’amministrazione delle carceri grazie all’intervento di personalità del mondo cattolico piemontese di forte rilievo quali per esempio, solo per ricordare le più note, Francesco Faà di Bruno, la marchesa Giulia di Barolo, san Giovanni Cafasso, i canonici Borsarelli di Riffredo e Pelletta. Inoltre vale qui segnalare che nel corso dei secoli al ramo femminile dell’Arciconfraternita aderiscono tutte le principesse del casato sabaudo.

Con la riforma delle Opere Pie, avvenuta dopo l’unità d’Italia del 1861, l'Arciconfraternita della Misericordia continua la sua attività assistenziale a favore dei condannati a morte, dei carcerati e degli ex detenuti nelle forme precedentemente svolte; tale attività a favore dei carcerati continua tuttora. La Misericordia svolge altresì un'intensa attività culturale, organizzando cicli annuali di conferenze, meditazioni musicali e mostre. Ogni domenica ed ogni festa di precetto si celebra la messa nella forma straordinaria del Rito romano (in latino e con canto gregoriano secondo il Messale del 1962), autorizzata fin dal 1989 dal card. Giovanni Saldarini, arcivescovo di Torino.