La città fu fondata nei pressi del sito dell'antica città dorica di Megara Hyblaea dall'imperatore Federico II di Svevia, che la fondò nel 1232, sfruttando la deportazione dei cittadini di Centuripe e Montalbano Elicona, distrutte a causa della loro disaffezione. Federico la chiamò "Augusta Veneranda", e divenne una delle sue località preferite. La città fu ricostruita dopo il terremoto del Val di Noto del 1693. Nella seconda guerra mondiale fu uno dei porti di sbarco delle forze anglo-americane.
La città è in provincia di Siracusa e si affaccia sul Mar Ionio. Il centro storico è un'isola, ricavata dal taglio di un istmo nel XVI secolo, collegata alla terraferma attraverso due ponti, uno di costruzione recente (viadotto Federico II di Svevia) ed uno risalente alla fondazione della città chiamato Porta Spagnola. Augusta ospita due porti.